Aposentadoria - O 13º salário entra no cômputo dos rendimentos tributáveis para cálculo do limite de 12% (benefício fiscal no preenchimento da Declaração de IR)? 

Não. Para o cômputo do limite de 12%, serão considerados os rendimentos tributáveis na fonte e sujeitos à compensação na Declaração do IR, como por exemplo salário, aluguel, etc.
O 13º salário é tributado no mês de sua quitação, separadamente dos demais rendimentos recebidos no mês, ou seja, ele possui uma tributação exclusiva. Para que você possa deduzir a contribuição efetivada a um plano de previdência privada (exceto planos do tipo VGBL) da Base de Cálculo do Imposto de Renda do 13º salário, essa dedução deverá ocorrer no ato do recebimento do mesmo. Basta levar o recibo do pagamento ao Recursos Humanos da sua empresa, que fará todo esse processo.